WEKO3
アイテム
レプリカ交換分子動力学シミュレータREMD Toolkitのグリッド上での実行
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29177
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29177a5a984c5-4530-4899-9d12-613119736da5
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC03095008.pdf (1.6 MB)
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Copyright (c) 2003 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2003-08-04 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | レプリカ交換分子動力学シミュレータREMD Toolkitのグリッド上での実行 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Execution of the replica exchange molecular dynamics simulator on the Grid | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学／国立情報学研究所 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industorial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industorial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Tokyo Institute of Technology/National Institute of Infomatics | ||||||||
| 著者名 |
佐藤, 仁
× 佐藤, 仁
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| 著者名(英) |
Hitoshi, Sato
× Hitoshi, Sato
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | レプリカ交換法は，問題の粒度が大きく，計算機間のデータの通信量が少ないため，グリッドシステム上での計算に向いていると考えられている．しかし，実際にレプリカ交換法のアルゴリズムを実装したプログラムをグリッドシステム上で実行した場合の性能は明らかになっていない．われわれは，レプリカ交換法システム REMD Toolkit を様々な環境下で実行し，実行性能を測定した．さらに REMD Toolkit に対して性能ヘテロな環境での実行を考慮した改良を加えた．この結果． 1) REMD ツールキットは100台規模まで十分にスケールすること， 2)性能ヘテロに対応した改良版では性能ヘテロな環境で有効であることを確認した． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Replica-exchange method is considered to be suitable for execution on the Grid environment because of its large granurality and small size data transfer. To confirm the suitability, we performed several experiments on various environment, using an application program called REMD toolkit that implements Replica-exchange method. We also improved the REMD toolkit to cope with performance-heterogeneous environment. The results showed that. 1) REMD toolkit is scalable upto around 100workers, 2) the improved version is faster than original version in the performance-heterogeneous environment. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 2003, 号 83(2003-HPC-095), p. 41-46, 発行日 2003-08-04 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
