Jojoによる遺伝的プログラミングの並列化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2004-03-03
• タイトル: Jojoによる遺伝的プログラミングの並列化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Parallelization of the Genetic Programming using Jojo
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学
• 著者所属: 科学技術振興機構／東京工業大学
• 著者所属: 産業技術総合研究所／東京工業大学
• 著者所属: 東京工業大学／国立情報学研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Science and Technology Agency/Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)/Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Tokyo Institute of Technology/National Institute of Infomatics
• 著者名: 徳田, 拓; 田中, 康司; 中田, 秀基; 松岡, 聡
• 著者名(英): Taku, Tokuda; Kouji, Tanaka; Hidemoto, Nakada; Satoshi, Matsuoka
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子間相互作用ネットワーク推定問題とは，遺伝子の発現量データ系列から複数の遺伝子間における制御関係を推測するものである．この相互関係は，非線形連立微分方程式によって表現される．これまで，速伝子間相互作用ネットワーク推定は，S?system表記の微分方程式を用いたものが一般的であったが，S?system表記の微分方程式は質量作用則表記の近似式であり，遺伝子間の具体的な相互関係を推定することが困難であった．本稿では，質量作用則に基づいた非線形連立微分方程式表記を採用し，進化的計算の一手法である逓伝的プログラミングを用いて，データ系列から相互作用を示す関数を自動推定するシステムを設計・実装した．このシステムより，与えたデータ系列を再現する微分方程式を得ることができた．また，グリッド環境でJavaプログラミングを支援する並列実行環境Jojoを用いて並列化し，実行時間を短縮することができた．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Estimating mutual interactions of genetic networks is mainly to infer the mutual control relationships from multiple genes from the gene expression data. Such correlations are typically expressible in the form of nonlinear simultaneous differential equations. However, most work to date has employed S-systems as an expression of such differential equations, allowing only rough approximations of mass actions, and as Such it was difficult to determine the actual correlations between the genes. Instead, we formulate the mutual interactions as actual simultaneous partial differential equations, and automatically determine its structure and co-efficients using genetic programming (GP) from a given data series. Parallel implementation of the scheme in a Grid environment using our Jojo Grid programming system for Java has resulted in precise determination of the equations in many cases Within some reasonable time.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10463942
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）; 巻 2004, 号 20(2003-HPC-097), p. 187-192, 発行日 2004-03-03
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会