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アイテム
大規模自由エネルギー摂動法計算のための摂動マップ構築アルゴリズムの高速化
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/226507
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/22650705f19fe9-3a30-41cb-8b43-248d1f6b7a24
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-MPS23143039.pdf (822.3 kB)
2025年6月22日からダウンロード可能です。
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Copyright (c) 2023 by the Information Processing Society of Japan
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| 非会員：¥660, IPSJ:学会員：¥330, MPS:会員：¥0, DLIB:会員：¥0 | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2023-06-22 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | 大規模自由エネルギー摂動法計算のための摂動マップ構築アルゴリズムの高速化 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| キーワード | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | バイオ情報学1 | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 東京工業大学情報理工学院情報工学系 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 東京工業大学情報理工学院情報工学系 | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology | ||||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||||
| en | ||||||||||
| Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology | ||||||||||
| 著者名 |
古井, 海里
× 古井, 海里
× 大上, 雅史
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | 近年，自由エネルギー摂動法（Free energy perturbation，FEP）計算がリード最適化プロセスを支援する手法として注目されている．Lead optimization mapper (Lomap) は，リガンド間の相対結合自由エネルギーを効率的に計算するための摂動マップを構築するアルゴリズムとしてよく用いられる．しかし，Lomap は全ての辺について順番に辺を削除しても制約を満たすかどうか判定する必要があり，数百の化合物が含まれる摂動マップの構築で少なくとも数時間という多大な計算時間を，数万以上の辺が含まれる場合への適用は現実的ではなかった．そこで本研究では，数万本以上の辺を持つ初期グラフから摂動マップの構築を可能にした．できるだけ多くの辺の制約を同時に判定するチャンク判定処理により，全体での制約判定回数を辺の数に依存する量から，頂点数に依存する数まで削減した．本手法は，元の Lomap と比較して十倍から数百倍の高速に摂動マップを構築できるにもかかわらず，出力される摂動マップは従来の Lomap アルゴリズムのものと同等であり，従来法を提案手法に直接置き換えることが可能である． | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AN10505667 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 巻 2023-MPS-143, 号 39, p. 1-7, 発行日 2023-06-22 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8833 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
