圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-03-05
• タイトル: 圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Improvement of homology search for metagenomic analysis by two-step seed search with reduced amino acid alphabet
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 高畠, 和輝; 伊澤, 和輝; 秋川, 元宏; 大上, 雅史; 秋山, 泰
• 著者名(英): Kazuki, Takabatake; Kazuki, Izawa; Motohiro, Akikawa; Masahito, Ohue; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 土壌や海洋，生体内などの環境に生息する微生物を網羅的に解析するメタゲノム解析の手法の一つとして，大量のシークエンスデータに高精度な配列相同性検索を行うものがある．従来法である BLAST などの配列相同性検索ツールでは，最新の次世代 DNA シーケンサーのスループットに対して計算速度が不十分であり，前述のような解析のボトルネックとなっている．本研究では，データベース配列とクエリ配列の間で類似度の高い部分配列を二段階で探索し，各段階において文字数の異なる圧縮アミノ酸集合を適用することで，高精度かつ高速な相同性検索を行う新たなアルゴリズムの提案・実装を行った．また評価実験により，従来手法と比較した際の提案手法の有効性を確認した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Metagenomic analysis is a technique for comprehensively analyzing microorganisms existing in environments such as soil, the ocean, and living organisms. In metagenomic analysis, it is necessary to perform high-precision homology searches on large amounts of sequence data. In recent years, the amount of analysis data has increased rapidly with the development of next-generation sequencing (NGS). NCBI BLAST has been the most widely-used for this problem, but it's calculation speed is insufficient for the throughput of current DNA sequencers. In this study, we propose a new, high-performance homology search tool by using reduced amino acid alphabet to search for high similar subsequences in two-steps. Additionally compared with several previous tools, we evaluated the validity of the proposed method.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-61, 号 10, p. 1-6, 発行日 2020-03-05
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会