フローサイトメトリーデータ解析ための方向制限付きアースムーバー距離の効率的な計算法

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-03-05
• タイトル: フローサイトメトリーデータ解析ための方向制限付きアースムーバー距離の効率的な計算法
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An efficient method for calculating earth mover's distance with direction restriction for flow cytometry data analysis
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 富山大学和漢医薬学総合研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Natural Medicine, University of Toyama
• 著者名: 奥, 牧人
• 著者名(英): Makito, Oku
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本稿では，フローサイトメトリーデータ解析のための方向制限付きアースムーバー距離 (一般に EMD-L1 と呼ばれている) の効率的な計算法を紹介する．この距離は一方の確率分布をもう一方の確率分布へ変形するために必要な最小コストを表す．ただし，確率分布はいずれも 2 次元とし，確率質量の移動が特定の方向に制限されているものとする．方向制限付きアースムーバー距離は小さな問題を除いて一般のアースムーバー距離よりも速く計算出来る．また，分布変形に関する流れを可視化することで各細胞集団がどう変化したかを推測するのに役立つ可能性もある．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this paper, I introduce an efficient method for calculating earth mover's distance with direction restriction (generally called EMD-L1) for flow cytometry data analysis. The distance represents the minimum cost required for transforming one probability distribution to the other, in which both probability distributions are two-dimensional, and movement of probability mass is restricted to certain directions. The earth mover's distance with direction restriction can be calculated faster than general earth mover's distance except for small problems. Moreover, visualization of the flow associated with the distribution transformation may be useful to guess how each cell population has changed.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-61, 号 8, p. 1-6, 発行日 2020-03-05
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会