環境中のDNA配列の集団のダイナミクスの解析

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2019-09-18
• タイトル: 環境中のDNA配列の集団のダイナミクスの解析
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Analyzing the Dynamics of a Population of DNA Sequences in an Environment
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学
• 著者所属: 株式会社ぐるなび
• 著者所属: 東京工業大学
• 著者所属: 東京工業大学
• 著者名: 小谷野, 仁; 澤田, 和典; 山本, 希; 山田, 拓司
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: あるアルファベット A = {a1,…,az} から作られる文字列の全体 A* は，数学の立場から見ると，Levenshtein 距離などの編集距離によって距離空間に，連接によって半群になり，非可換な位相半群をなす．また，1 つの環境中の生物群集が持つ DNA やある遺伝子の塩基配列の全体 （母集団） の分布は，アルファベット A = {a,c,g,t}に対する位相半群 A* 上の確率関数として表される．本稿では，私達の以前の 2 つの研究 : (i) 環境中の DNA 配列の集団にその環境から掛かる淘汰圧の分布をその混合モデルによって表すように設計して，A* 上に導入した Laplace 様分布という確率分布とその混合モデルに対する統計的推定論を展開した研究と，(ii) 1 つの環境中の生物群集が持つ DNA 配列の集団が，配列中に確率的に起こる突然変異と，周囲の環境から掛かる淘汰圧の下で時間発展していく様子を記述する偏微分方程式を導出し，その数理解析を行った研究，を基礎として取り組んだ，環境中の微生物群集が持つ 16S リボソーム RNA 遺伝子の集団のダイナミクスを予測した研究の結果を述べる．また，遺伝子の母集団のダイナミクスに対して変化速度や方向持続性などの特徴量を導入し，それらを遺伝子の標本から統計的に推定する方法を開発して，遺伝子の集団のダイナミクスの特徴を調べた研究の結果を述べる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2019-MPS-125, 号 6, p. 1-2, 発行日 2019-09-18
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8833
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会