KampoDBの結合シミュレーション結果の概説

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2019-09-01
• タイトル: KampoDBの結合シミュレーション結果の概説
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An overview of the docking simulation results in KampoDB
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 富山大学和漢医薬学総合研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Natural Medicine, University of Toyama
• 著者名: 奥, 牧人
• 著者名(英): Makito, Oku
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本稿では，KampoDB に収録されている結合シミュレーション結果について概説する．これらのシミュレーションでは，漢方処方に含まれる 95 種類の天然化合物と SAHG から取得した 42330 個の蛋白質ドメイン予測構造データが用いられている．計算には AutoDock Vina が使われている．可能な全ての化合物と蛋白質ドメインの対のうち約 79 %について結合シミュレーション結果があり，残りの部分は欠損している．これらの結果を解釈する上で注意すべき点についても述べる．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this paper, I provide an overview of the docking simulation results stored in KampoDB. In the simulations, 95 natural compounds included in Kampo formulas and 42330 predicated structure data of protein domains obtained from SAHG are used. AutoDock Vina is used for the simulations. Approximately 79 % of all possible pairs of compounds and protein domains have docking simulation results, and the remaining parts are missing. I also describe what should be kept in mind when interpreting the results.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2019-BIO-59, 号 1, p. 1-6, 発行日 2019-09-01
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会