もう一つの主成分分析に基づく同期性揺らぎ遺伝子抽出法

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2019-03-01
• タイトル: もう一つの主成分分析に基づく同期性揺らぎ遺伝子抽出法
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An alternative method for extracting synchronously fluctuated genes based on principal component analysis
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 富山大学和漢医薬学総合研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Natural Medicine, University of Toyama
• 著者名: 奥, 牧人
• 著者名(英): Makito, Oku
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本稿では，前回のバイオ情報学研究会で発表した，遺伝子発現量データから同期性揺らぎ遺伝子（Synchronously Fluctuated Genes，SFGs）を抽出するための方法とは別のやり方について述べる．前回発表した2つの方法のうちの片方では主成分分析を用いていたが，本稿ではその前処理と後処理の部分を変えたものを提案する．具体的には，前処理部において中央絶対偏差と順位を用いたデータの変換を行い，後処理部ではカイ二乗分布による外れ値検出法を用いるよう変更した．人工データおよび実データを用いてこの手法の性能評価を行ったところ，前回提案した2つの方法と比べて良い点だけでなく悪い点もあることが分かった．今回新たに提案した手法は，同期性揺らぎ遺伝子抽出法の選択肢の一つにはなり得るのではないかと考えられる．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this paper, I propose an alternative method for extracting synchronously fluctuated genes (SFGs) from gene expression data, which is different from the methods I proposed at the previous seminar. Two methods were proposed last time, and one of them was based on principal component analysis. By modifying its pre- and post-processing steps, a new method is developed. At the pre-processing step, original data is transformed using median absolute deviations and ranks. At the post-processing step, outliers are detected using a chi-squared distribution. The performance of the proposed method was evaluated using artificial and real data, and its advantages as well as disadvantages against the two methods proposed last time were identified. The newly proposed method would be regarded as an optional method for extracting SFGs.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2019-BIO-57, 号 2, p. 1-6, 発行日 2019-03-01
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会