類似配列検索のための配列アラインメントアルゴリズムの高速化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2004-07-13
• タイトル: 類似配列検索のための配列アラインメントアルゴリズムの高速化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: A Fast Algorithm for Sequence DB Refinement
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 九州大学大学院システム生命科学府
• 著者所属: 九州大学大学院システム情報科学研究院
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Systems Life Sciences, Kyushu University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Information Science and Electrocal Engineering, Kyushu University
• 著者名: 吉田, 孝廣; 牧之内, 顕文
• 著者名(英): Takahiro, Yoshida; Akifumi, Makinouchi
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 配列アラインメントは，遺伝子やタンパク質の配列データベースから類似配列を検索するために用いられる，生命情報科学の分野において最も重要な技術の1つである．動的計画法に基づいた配列アラインメントの手法は広く使われている．もし今より高速なアルゴリズムが登場すれば，生命情報科学の可能性は広がると考えられる．我々は動的計画法に基づいた配列アラインメントの新しいアルゴリズムを提案する．実験では，我々のアルゴリズムの性能は，後藤のアルゴリズムやMyersとMillerのアルゴリズムの性能を上回った．これらは，動的計画法に基づいたグローバルアラインメントのアルゴリズムとして最も有名なアルゴリズムである．またローカルアラインメントについても，有意義な結果が得られた．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The sequence alignment, which is the technique to find homology sequences from the gene and protein sequence database, is one of the most important techniques for Bioinformatics. The sequence alignment based on dynamic programming method is the most widely used method. If high-speed algorithm is offered, the application of Bioinformatics will spread further. We propose a new algorithm of sequence alignment based on dynamic programming. In our experiments, this algorithm outperforms Gotoh's algorithm and Myers-Miller's algorithm, both of which are the most famous algorithm of global alignment based on dynamic programming. For local alignment, tests were made the result which shows usefulness of our algorithm, too.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10112482
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告データベースシステム（DBS）; 巻 2004, 号 71(2004-DBS-134), p. 71-76, 発行日 2004-07-13
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会