生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2018-06-06
• タイトル: 生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Survey and Performance Comparison of Container Technologies in Bioinformatics Field
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: BIO一般セッション
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／産業技術総合研究所産総研・東工大実社会ビッグデータ活用オープンイノベーションラボラトリ
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Real World Big-Data Computation Open Innovation Laboratory (RWBC-OIL), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 青山, 健人; 大上, 雅史; 秋山, 泰
• 著者名(英): Kento, Aoyama; Masahito, Ohue; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 軽量かつ高速なコンテナ型仮想化はアプリケーションの可搬性を担保し，研究の再現性を向上させるとして生命情報解析の研究でも普及しはじめている．本報告では，特に HPC 分野で主要なコンテナ型仮想環境として Docker，Shifter，Singularity を取り上げ，生命情報科学の研究ワークフローへの導入の実例を示す．また，各コンテナ型仮想環境でのタンパク質間相互作用予測ソフトウェア （MEGADOCK） の実行性能の検証を通して，計算律速な生命情報科学アプリケーションに適したコンテナ型仮想環境の選択を模索する．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Container Virtualization, the lightweight and fast virtualization technology, has been spreading in the research field of bioinformatics to improve the portability of application and reproducibility of research. In this study, we focused on the container virtualizations (Docker, Singularity, and Shifter) used especially in the HPC and bioinformatics field. We performed a survey of use-cases of container virtualization in bioinformatics research works and tried to seek a best-practice through the performance evaluation of MEGADOCK, the compute-intensive application of protein-protein interaction prediction software.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2018-MPS-118, 号 47, p. 1-7, 発行日 2018-06-06
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8833
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会