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Grid：広域分散並列処理環境での高精度分子シミュレーション －C20 分子のレプリカ交換モンテカルロ
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/18528
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/185288cec67ae-503a-430f-a886-fe2f1f696f9e
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-TACS4411003.pdf (331.7 kB)
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Copyright (c) 2003 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | Trans(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2003-08-15 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | Grid：広域分散並列処理環境での高精度分子シミュレーション －C20 分子のレプリカ交換モンテカルロ | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Accurate Molecular Simulation on the Grid - Replica Exchange Monte Carlo Simulation for C20 Molecule | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||
| 主題 | グリッド応用 | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所グリッド研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所グリッド研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所グリッド研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所グリッド研究センター | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所グリッド研究センター | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology | ||||||||
| 著者名 |
池上, 努
× 池上, 努
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| 著者名(英) |
Tsutomu, Ikegami
× Tsutomu, Ikegami
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 高精度なポテンシャルエネルギー関数を用いた分子シミュレーション環境を構築するため，一連のエネルギー計算をグリッド上に分散して実行するライブラリ（GONライブラリ）を作成した．GONライブラリは，グリッド上の複数の並列計算機に粗粒度のジョブを非同期に発行し，また各ジョブを細粒度並列に実行することで，グリッド上の計算資源を統合的に利用する手段を提供する．ライブラリは計算手法の変更に柔軟に対応でき，かつ利用者から見てリモートでの実行をなるべく隠蔽する方向で設計した．このライブラリを用い，エネルギー計算に分子軌道法を直接，用いたレプリカ交換モンテカルロシミュレーションプログラムを作成し，小さなフラーレンであるC20分子に応用した．テスト計算では150時間にわたってほぼ安定に計算を続行し，最大16個の計算サーバに分散した860個のCPUを同時に使用した． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | The new library was developed to perform a high precision molecular simulation by distributing energy calculations over the grid. Those calculation jobs are submitted asynchronously to parallel machines on the grid, while each job is executed in a fine grained fashion. The library obscures the remote execution from users, yet is flexible enough to be adopted to various calculation methods. The library was used in the replica exchange Monte Carlo (REXMC) simulation with ab initio molecular orbital (MO) method for the energy calculation, and was tested on a small fllerene molecule, C20. In the course of 150 hours of the test run, the maximum of 860 CPUs over 16 calculation servers were operated simultaneously, showing the grid capability to perform a large scale simulation that cannot be run on a single computer. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA11833852 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS） 巻 44, 号 SIG11(ACS3), p. 14-22, 発行日 2003-08-15 |
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| ISSN | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||
| 収録物識別子 | 1882-7829 | |||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
