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アイテム
Pwrake/Gfarmによる分散並列相同性検索システムの提案
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/184890
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/1848904e51a58c-e80c-495d-b22e-8efa7179530c
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC17162010.pdf (1.5 MB)
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Copyright (c) 2017 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2017-12-11 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | Pwrake/Gfarmによる分散並列相同性検索システムの提案 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| キーワード | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | ストレージ | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 筑波大学情報学群情報科学類 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 筑波大学計算科学研究センター | ||||||||||
| 著者名 |
町田, 健太
× 町田, 健太
× 建部, 修見
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | メタゲノム解析とは，環境サンプルから直接得られたゲノム DNA を扱う研究である．この研究は，環境中に存在する膨大な数の未知の遺伝子を解明する方法として期待されており，近年シークエンサーの技術革新により得られるメタゲノムデータは急速に増大している．メタゲノム解析の一つに相同性検索というものがあるが，これは DNA 配列を比較して 2 つの配列の共通部分のアライメントを行うものである．本研究では，高速に相同性検索が可能なツールである GHOSTZ を拡張して，クエリと DB ファイルを多ノードに分散することで大規模な入力データに適応する分散並列相同性検索システムを提案する．結果としてこのシステムは，実行時間の面で大規模な入力データを用いた際にスケーラビリティを示した． | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||||
| 書誌情報 |
研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 2017-HPC-162, 号 10, p. 1-9, 発行日 2017-12-11 |
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| ISSN | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 2188-8841 | |||||||||
| Notice | ||||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
