地球シミュレータによる蛋白質の大規模シミュレーション：ベクトル化と並列化による加速性能

• Item type: Trans(1)
• 公開日: 2005-05-15
• タイトル: 地球シミュレータによる蛋白質の大規模シミュレーション：ベクトル化と並列化による加速性能
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Large Scale Simulations of Proteins on the Earth Simulator:Acceleration Performance by Vectorization and Parallelization
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: 数値シミュレーション
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
• 資源タイプ: journal article
• 著者所属: 弘前大学理工学部
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Technology Hirosaki University
• 著者名: 斎藤, 稔
• 著者名(英): Minoru, Saito
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 非常に巨大な蛋白質（水中のヘモグロビン：全原子数12 万36 個）について，分子動力学（MD）シミュレーションのスピードを地球シミュレータとCOSMOS90 を用いて測定した．COSMOS90は，コード全体をベクトル化および並列化した．COSMOS90 内部のBarnes-Hut tree code は，ベクトル化を維持したまま並列化した．その結果，128 台のプロセッサで0.023 sec/step のスピードを達成した．このスピードならば，生命科学で重要なヘモグロビンの機能をシミュレーションで研究することが可能である．さらなる高速化のために，COSMOS90 のサブプロセスごとに，ベクトル化と並列化による加速性能を調査した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: I measured a performance speed of large scale molecular dynamics (MD) simulations for a protein (hemoglobin in water; 120,036 atoms) using COSMOS90 on the Earth Simulator. The code of COSMOS90 was highly vectorized and parallelized on the Earth Simulator. The Barnes-Hut tree code in COSMOS90 was parallelized in keeping with the vectorization. I successfully obtained the performance speed of 0.023 sec/step for 128 processors of the Earth Simulator. This performance speed makes it possible to study biological properties of hemoglobin by MD simulations. For further speed up, I investigated acceleration performances by vectorization and parallelization for each subprocess of COSMOS90.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11833852
• 書誌情報: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）; 巻 46, 号 SIG7(ACS10), p. 9-17, 発行日 2005-05-15
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 1882-7829
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会