高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2017-06-16
• タイトル: 高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Oral metagenomic analysis using high-speed homology searching tool GHOSTX
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京歯科大学大学院歯学研究科歯学専攻微生物学講座
• 著者所属: 東京工業大学情報理工学院情報工学系／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Education Academy of Computational Life Sciences, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Education Academy of Computational Life Sciences, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Microbiology, Department of Basic Science, Tokyo Dental College
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology / Education Academy of Computational Life Sciences, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 山澤, まりな; 伊澤, 和輝; 大上, 雅史; 石田, 貴士; 石原, 和幸; 秋山, 泰
• 著者名(英): Marina, Yamasawa; Kazuki, Izawa; Masahito, Ohue; Takashi, Ishida; Kazuyuki, Ishihara; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本研究では，ホールゲノムショットガン法を使用した口腔内メタゲノムデータの大規模解析を行うことで歯周病に関連した細菌の存在度や分布，遺伝子の種類や頻度を調査し，その結果を歯周病のリスク予測へ応用することを目指している．はじめに口腔内メタゲノムデータに対して本研究室で開発された配列相同性検索ツールである GHOSTX を使用した配列相同性検索を行った．続いて，配列相同性検索の結果を用いて，検出される細菌の多様性を健常者と歯周病罹患者で比較した．この結果，これまでに歯周病への関連度が高いと言われていた細菌種と逆の性質を持つかもしれない 2 つの細菌種を見つけた．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this study, we studied the abundance and distribution of bacteria related to periodontal disease by carrying out a large-scale analysis of oral metagenomic data using the whole genome shotgun method, aiming to apply it to the risk prediction of periodontal disease. Firstly, we applied a sequence homology search tool, GHOSTX, which is developed in our laboratory to oral cavity metagenomic data. Secondly, using the results of sequence homology search, we compared differences of the diversity of bacteria between healthy volunteers and periodontal patients. As a result, we found two bacterial species that may have opposite properties to those which had been said to be highly relevant to periodontal disease.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2017-BIO-50, 号 41, p. 1-7, 発行日 2017-06-16
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会