非モデル生物における条件依存的選択的スプライシングの網羅的発見手法の改良

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2017-06-16
• タイトル: 非モデル生物における条件依存的選択的スプライシングの網羅的発見手法の改良
• タイトル / 言語: en
• タイトル: DASE3: Differential Alternative Splicing variants Estimation method without reference genome with improvement of its accuracy by introducing a new measure
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者所属: 長浜バイオ大学
• 著者名: 米澤, 弘毅; 嶺井, 隆平; 小倉, 淳
• 著者名(英): Kouki, Yonezawa; Ryuhei, Minei; Atsushi, Ogura
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 選択的スプライシングは，遺伝子数が限られている中でエクソンの組み合わせを変えることで多様な遺伝子産物を発現させるメカニズムであり，非常に多くの生物における組織や発生プロセスでの異なった遺伝子発現を示す要因でもある．選択的スプライシングのメカニズムや役割は現在までモデル生物においてはよく研究されているが非モデル生物ではあまり研究が進んでいない．この原因として，選択的スプライシングを調査する方法がゲノム配列および完全なエキソン - イントロン情報を必要とすることが挙げられる．しかし，様々な生物の選択的スプライシングを概観したり，選択的スプライシングの進化的なインパクトやその役割を理解するためには，非モデル生物における選択的スプライシングの調査が不可欠である．筆者らは既に，de novo トランスクリプトームアセンブリ手法として有名な Trinity を利用した条件依存的選択的スプライシングを網羅的に発見する手法である DASE を提案しているが，本稿では各バリアントの様々な条件下における発現量の違いに関する新たな指標を計算する機能を DASE に追加し，この追加機能による条件依存的選択的スプライシングの発見能力の変化を検証した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Alternative splicing is a mechanism underlying gene expression diversity under the constraint of a limited number of genes and causes spatio-temporal variation in gene expression in tissues and developmental processes in most organisms. This mechanism is well studied in model organisms at present but not in non-model organisms because the current standard method requires genomic sequences as well as full annotation information on exons and introns. Nevertheless, it is necessary to uncover the landscape of alternative splicing in various organisms and to understand its evolutionary effects and roles. Previously, we have proposed the DASE method for condition-specific estimation of alternative splicing without reference genomes based on de novo transcriptome assembly. In this paper, we improved estimation of differentially expressed variants by means of a function evaluating how different from other mRNA variants a tuple of expression quantities of a particular variant is. The software is deposited at https://github.com/koukiyonezawa/DASE.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2017-MPS-113, 号 37, p. 1-6, 発行日 2017-06-16
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8833
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会