パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム

• Item type: Trans(1)
• 公開日: 2000-11-15
• タイトル: パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An Information Content Maximization Alignment Algorithm for Metabolic Pathway Analysis
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: オリジナル論文
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
• 資源タイプ: journal article
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者名: 遠里, 由佳子; 松田, 秀雄; 橋本, 昭洋
• 著者名(英): Yukako, Tohsato; Hideo, Matsuda; Akihiro, Hashimoto
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 生体内の化学反応の多くは，酵素を触媒として，ある化合物（基質）を，別の化合物（生成物）に変換することにより構成される．こういう一連の反応経路を一般にパスウェイと呼ぶ．代謝反応のパスウェイに対する比較分析は，進化の過程で生物がどのようにそのパスウェイを獲得したか，さらには，ある化合物を合成する方法についての知見を得るうえで重要な情報となる．パスウェイを構成する各酵素は，触媒する化学反応のタイプにより4組の数字からなるEC（Enzyme Commission）番号が付けられ，系統的な分類がされている．したがって，共通のパターンをみつける際には，機能階層により条件緩和できることが望ましい．そこで，本研究では，情報量という評価基準を用い，木構造の概念階層を持つ記号に対して拡張されたマルチプルアライメントアルゴリズムを提案する．実際に，解糖やアミノ酸分解，DNAの複製にかかわるパスウェイに対し本アルゴリズムを適用し，その有効性を確かめた．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In many of the chemical reactions in living cells, enzymes act as catalysts in the conversion of certain compounds (substrates) into other compounds (products). Comparative analyses of the metabolic pathways formed by such reactions give important information on their evolution and on pharmacological targets. Each of the enzymes that constitute a pathway is classified according to the EC (Enzyme Commission) numbering system, which consists of 4 sets of numbers that categorize the type of the chemical reaction catalyzed. Therefore, in order to find a common pattern among pathways, it is desirable to be able to use this functional hierarchy to relax the match conditions. In this paper, we propose a multiple alignment algorithm utilizing information content, that is extended to symbols having a hierarchical structure. The effectiveness of our method is demonstrated by applying the method to pathway analyses of sugar, DNA and amino acid metabolisms.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11464803
• 書誌情報: 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM）; 巻 41, 号 SIG07(TOM3), p. 41-48, 発行日 2000-11-15
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 1882-7780
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会