既知の活性/非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2015-06-16
• タイトル: 既知の活性/非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院生命理工学研究科／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属: 東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京工業大学大学院生命理工学研究科／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科／東京工業大学情報生命博士教育院
• 著者名: 和久井, 直樹; 大上, 雅史; 千葉, 峻太朗; 石田, 貴士; 岩崎, 博史; 秋山, 泰
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: Structure-based drug design (SBDD) において，ターゲットとなるタンパク質の立体構造データはスクリーニングの成否に大きな影響を及ぼす．しかし，既に構造解析されたタンパク質の立体構造は限られており，結晶構造は必ずしも生体内の構造を反映していないなどの問題点がある．本研究では，NMR を用いて解析された構造と X 線結晶構造解析を用いて解析された構造，さらに結晶構造を初期構造として分子動力学計算を行った際の構造モデルを用意し，既知活性化合物と非活性化合物に対してドッキングシミュレーションを行った．得られたドッキングスコアやドッキングスコアを分子量で正規化した値 (ポテンシー) によって活性化合物と非活性化合物の分離能を Receiver Operating Charasterstics (ROC) 曲線で評価し，どのような構造モデルの場合に活性/非活性を識別することができるのかを考察した．最終的には NMR，X 線，あるいは構造予測技術で作成された初期構造から，分子動力学法等により多数の構造モデルを生成し，バーチャルスクリーニングに適したモデルを自動的に選択するシステムの構築を目指している．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2015-BIO-42, 号 60, p. 1-4, 発行日 2015-06-16
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会