WEKO3
アイテム
BLASTアルゴリズム全体のハードウェア化による高速化の提案
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/110889
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/110889593677c4-e075-416e-9804-124f326e6617
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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IPSJ-Z75-3K-3.pdf (552.1 kB)
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Copyright (c) 2013 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | National Convention(1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2013-03-06 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | BLASTアルゴリズム全体のハードウェア化による高速化の提案 | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||
| キーワード | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | アーキテクチャ | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_5794 | |||||||||
| 資源タイプ | conference paper | |||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||
| 会津大 | ||||||||||
| 著者名 |
石川淑
× 石川淑× 田中飛鳥
× 宮崎敏明
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| 論文抄録 | ||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||
| 内容記述 | Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)は最も有名なシーケンスアライメントツールの一つである。シーケンスアライメントとはタンパク質（またはDNA）データベースから検索対象となるタンパク質（またはDNA）配列を列挙することであり、配列同士の類似部分検索のために使用される。シーケンスアライメントは、生物学上の進化や遺伝子系図を調べる上で重要であることから、バイオインフォマティクス分野では欠かせない情報である。BLASTは前処理部、seeding（ステップ1）、ungapped extension（ステップ2）、gapped extension（ステップ3）、traceback部という処理からなる。しかし、前処理部、traceback部を含んだBLASTアルゴリズム全体のハードウェア化は行われてこなかった。本稿では、前処理部、traceback部のハードウェア化を提案し、ホストPCとの通信ボトルネックを解消することによりBLAST全体の高速化を行ったので報告する。 | |||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AN00349328 | |||||||||
| 書誌情報 |
第75回全国大会講演論文集 巻 2013, 号 1, p. 125-126, 発行日 2013-03-06 |
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| 出版者 | ||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||
