実数値GAによるタンパク質立体構造の2層比較

• Item type: Journal(1)
• 公開日: 2005-03-15
• タイトル: 実数値GAによるタンパク質立体構造の2層比較
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Two-layered Comparison of Protein Structures by Real-coded GA
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: 論文
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
• 資源タイプ: journal article
• その他タイトル / その他のタイトル: バイオインフォマティクス
• 著者所属: 東京工業大学大学院総合理工学研究科
• 著者所属: 神戸大学理学部化学科
• 著者所属: 東京工業大学大学院総合理工学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Interdisciplinary Graduate School of Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Chemistry, Faculty of Science, Kobe University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Interdisciplinary Graduate School of Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 朴聖俊; 高田, 彰二; 山村, 雅幸
• 著者名(英): Sung-Joon, Park; Shoji, Takada; Masayuki, Yamamura
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 爆発的に増加するタンパク質立体構造を比較することは構造ﾑ機能相関の解析にきわめて重要である．既存の立体構造比較手法はタンパク質全体を剛体として扱う．しかし，進化的に新しい機能を獲得する際にタンパク質構造は部分的特異的に変形を受けるため，剛体としての取扱いには限界がある．本論文では機能進化過程において，構造変形を受けにくいビルディングブロックと構造変形が顕著なループ部分が存在することを考慮に入れた立体構造比較手法を開発する．提案手法は部分構造比較と全体構造比較を2層で並列探索し，遺伝的アルゴリズムの集団探索性能を活用してタンパク質の機能進化における構造変形の柔軟性を可視化する．2層比較の基本的なアイデアと実装について説明したうえで探索アルゴリズムと評価関数の特徴と性能について述べ，構造-機能相関の解析ツールとしての有効性を示す．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Comparing protein tertiary structures that are explosively increasing is indispensable to the investigation into protein structure-function relationship. Methods hitherto published, however, treat proteins as rigid-bodies and thus are not able to capture the function-related structural variability of proteins, which appear through evolution. In this paper, we develop a protein structure comparison tool that emphasizes physico-chemical rearrangement of local fragments as building blocks of global structures. The proposed tool optimizes local fragment alignment and global superposition simultaneously. Using the population search ability of Genetic Algorithm, this tool shows the protein flexibility. We describe first the approach and the implementation. To address the large-scaled analysis of protein structure-function relationship, we show the effectiveness of the global search ability and fitness functions.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN00116647
• 書誌情報: 情報処理学会論文誌; 巻 46, 号 3, p. 898-910, 発行日 2005-03-15
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 1882-7764