Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2014-09-12
• タイトル: Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Stem Cell Informatics Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 京都大学iPS細胞研究所
• 著者所属: 京都大学iPS細胞研究所
• 著者所属: 京都大学iPS細胞研究所
• 著者所属: 兵庫医科大学病理学講座機能病理部門
• 著者所属: 三菱総合研究所人間・生活研究本部
• 著者所属: 京都大学iPS細胞研究所
• 著者所属: 京都大学iPS細胞研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Clinical Pathology, Hyogo College of Medicine
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Advanced Business Division, Mitsubishi Research Institute, Inc.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
• 著者名: 桜井, 都衣; 山根, 順子; 小林, 健太; 山根木, 康嗣; 谷口, 丈晃; 加藤, 有己; 藤渕, 航
• 著者名(英): Kunie, Sakurai; Junko, Yamane; Kenta, Kobayashi; Koji, Yamanegi; Takeaki, Taniguchi; Yuki, Kato; Wataru, Fujibuchi
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 2006 年に iPS 細胞が発見されて以降，実際に幹細胞由来の人工組織が医療の現場で活用されるという時代の到来が現実味を帯びて来た．それと同時にこれまで以上に細胞というものを熟知し，個々の細胞の性質の判断基準を明らかにする必要性も著しく高まっている．当研究室では，以前公開された SHOGoiN というヒト細胞解析データのためのデータベースの延長として，細胞というシステムを科学的な解析結果と知識に基づき明確に定義するためのデータベース （Stem Cell Informatics Database） の構築を行っている．現在の Stem Cell Informatics Database は，近年盛んに行われ始めているシングルセル技術を用いたトランスクリプトーム解析やメチローム解析データ及び実験条件などのメタデータ，ヒト組織画像とそこから抽出された細胞形態解析データ，そして解剖学的な位置情報に対応させたヒト細胞の分類表などを格納している．また今後は，細胞という複雑な概念のモデル化，語彙・知識の統合管理を可能にするためのオントロジーの構築や細胞情報解析のためのツールなども行い，搭載する予定である．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Researchers have actively investigated potential applications of the induced pluripotent stem cell (iPS cell) for disease modeling, drug screening, and regenerative medicine since its discovery in 2006, and now it is about to start one of the projects for clinical trials. In parallel with the medical practice, there has been arising a need of more precise knowledge of the cell of its disposition, while facing a lack of the information system that enables us to store such complex biomedical knowledge regarding cells in well-organized way. Here we introduce our cell knowledge repository called “Stem Cell Informatics Database” that is an extended work of the previous SHOGoiN database. It has been designed to integrate information comprehensively for defining cells with diverse knowledge and scientific data from biomedical research. In the Stem Cell Informatics Database, there are several indispensable contents, such as gene expression profiles and images of cells, curated assay metadata, and the cell taxonomy associated with anatomical location information. Stem Cell Informatics Database is now under development, and we are currently working on i) creating our own ontology to formally describe/model knowledge about the cells, and ii) developing analysis tools for gene expression data produced in single cell experiments. Depositing all of those in one database, this will provide a framework of integrative system for cell knowledge dictionary.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2014-BIO-39, 号 5, p. 1-2, 発行日 2014-09-12
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会