WEKO3
アイテム
分子動力学専用計算機MDGRAPE-4
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/102299
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/102299e510076b-8843-4a80-981b-d9258c0deec1
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC14145025.pdf (1.8 MB)
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Copyright (c) 2014 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2014-07-21 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 分子動力学専用計算機MDGRAPE-4 | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||
| 主題 | 計算科学 | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 理化学研究所生命システム研究センター(QBiC) 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 理化学研究所生命システム研究センター(QBiC) 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 理化学研究所生命システム研究センター(QBiC) 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 理化学研究所生命システム研究センター(QBiC) 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 理化学研究所生命システム研究センター(QBiC) 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Laboratory for Computational Molecular Design Computational Biology Research Core Quantitative Biology Center (QBiC) RIKEN | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Laboratory for Computational Molecular Design Computational Biology Research Core Quantitative Biology Center (QBiC) RIKEN | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Laboratory for Computational Molecular Design Computational Biology Research Core Quantitative Biology Center (QBiC) RIKEN | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Laboratory for Computational Molecular Design Computational Biology Research Core Quantitative Biology Center (QBiC) RIKEN | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Laboratory for Computational Molecular Design Computational Biology Research Core Quantitative Biology Center (QBiC) RIKEN | ||||||||
| 著者名 |
大野洋介
× 大野洋介
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | ミリ秒タイムスケールのタンパク質等の生体分子の古典分子動力学シミュレーションを達成するために開発中の分子動力学専用計算機 MDGRAPE-4 について報告する。汎用並列計算機での生体分子の古典分子動力学シミュレーションのストングスケーリングは主に通信性能によって制限されている。これを解消するため MDGRAPE-4 では専用パイプライン演算器とネットワークインターフェイスを統合した SoC を採用した。計算プログラムとしては Gromacs を選択したが、専用 SoC で動作させるため大幅な変更が必要となり、ハードウェアの製造と並行して、MDGRAPE-4 用の Graomacs の開発を進めている。 | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 2014-HPC-145, 号 25, p. 1-6, 発行日 2014-07-21 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
