無限次数多重検定法へのグラフ制約の導入とゲノムワイド関連解析への応用

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2014-06-18
• タイトル: 無限次数多重検定法へのグラフ制約の導入とゲノムワイド関連解析への応用
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科
• 著者所属: お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科／日本学術振興会特別研究員
• 著者所属: お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Ochanomizu University / Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Ochanomizu University
• 著者名: 齊藤有紀; 寺田愛花; 瀬々潤
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: ゲノムワイドなデータが容易に観測できるようになり，遺伝子毎，あるいは，1 塩基多型 （SNPs） 毎に検定を行う解析も頻繁に行われている．この解析の中で問題になるのが，検定結果の偽陽性であり，これを抑えるために Bonferroni 補正をはじめとした多重検定補正法が利用されている．ところが，単一の遺伝子や SNPs ならまだしも，複数の組合せを考えると近似が甘くなり，補正後に有意な結果が現れなくなる事が問題となっていた．この問題に対処する方法として，寺田らは無限次数多重検定法 （LAMP） を導入した．ところが，LAMP には，特にゲノムワイド関連解析 （GWAS） の様な超大規模なデータへの適用を行おうとすると，実行が終わらない問題点が存在し，応用の幅に限りがあった．そこで本研究では，現実的な時間で超大規模データに対しても LAMP が実行できるよう，取れる組合せに制約をいれる手法の提案を行う．特に遺伝子やタンパク質の間の相互作用情報を元にしたグラフ構造の制約をもうけ，関連性が予想される SNP の組み合わせのみに注目して解析を行う．これにより探索空間の削減と，偽陽性の発生を抑制することが可能となり，シロイヌナズナの GWAS データの解析が可能となった．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2014-MPS-98, 号 4, p. 1-6, 発行日 2014-06-18
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会