WEKO3
アイテム
大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/101800
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/101800654ee3f0-a3db-448e-8234-107097478497
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO14038032.pdf (485.9 kB)
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Copyright (c) 2014 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2014-06-18 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Protein-Protein Docking System on Large-Scale GPU Clusters | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻／日本学術振興会特別研究員 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学情報生命博士教育院 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻／東京工業大学情報生命博士教育院 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology / Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Education Academy of Computational Life Sciences, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology / Education Academy of Computational Life Sciences, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者名 |
大上, 雅史
× 大上, 雅史
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| 著者名(英) |
Masahito, Ohue
× Masahito, Ohue
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | タンパク質ドッキング計算は通常 2 つのタンパク質の複合体構造を予測する手法であるが，3 体以上のドッキング計算やタンパク質間相互作用ネットワークの解析などに応用可能性を持つ．一方でこれらの応用を実現するためには膨大な回数のドッキング計算を要するため，多大な計算リソースと，またそれを充分に活用することのできるシステムの開発が求められていた．本発表では GPU クラスタ上で並列計算が実行可能なタンパク質ドッキング計算システムである MEGADOCK 4.0 を紹介する．本システムの並列性能を，ノードあたり 12CPU コアと 3GPU を備えた TSUBAME 2.5 スーパーコンピュータで測定し，35 ノード実行に対する 420 ノード実行時の強スケーリング値 0.98 を達成した．また，100 万件のタンパク質ドッキング計算が，420 ノードの利用によって約半日で完了することを確認した． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | The application of protein-protein docking to the large-scale interactome analysis, the treatment of protein flexibility or multiple protein-protein docking problem are current challenges in structural bioinformatics that require huge computing resource. In this work we present MEGADOCK 4.0, an FFT-based docking software which makes extensive use of recent GPU supercomputers and show the powerful scalable performance of over 97% strong scaling with TSUBAME 2.5 supercomputing system. In addition, a million protein-protein docking jobs can be calculated about a half day by using 420 nodes of TSUBAME 2.5. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2014-BIO-38, 号 32, p. 1-4, 発行日 2014-06-18 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
