2024-03-28T20:38:29Zhttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_oaipmhoai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:001976492023-04-27T10:00:04Z01164:05352:09740:09828
HT-SELEX法を用いた核酸アプタマー推定のためのクラスタリング手法の高速化Accelerating a clustering method for aptamer estimation using HT-SELEXjpnhttp://id.nii.ac.jp/1001/00197559/Technical Reporthttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_action_common_download&item_id=197649&item_no=1&attribute_id=1&file_no=1Copyright (c) 2019 by the Information Processing Society of Japan東北大学大学院情報科学研究科NECソリューションイノベータ株式会社/東北大学大学院情報科学研究科東北大学大学院情報科学研究科NECソリューションイノベータ株式会社NECソリューションイノベータ株式会社NECソリューションイノベータ株式会社NECソリューションイノベータ株式会社東北大学大学院情報科学研究科小野, 貴義加藤, 信太郎伊藤, 康一皆川, 宏貴堀井, 克紀白鳥, 行大和賀, 巌青木, 孝文アプタマーは,高親和性・特異性により標的分子と結合する核酸分子のことであり,Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX)法と次世代シーケンシング(Next-Generation Sequencing: NGS)を組み合わせたHigh-Throughput SELEX (HT-SELEX)法を用いて核酸ライブラリの中から選択される.HT-SELEX法から得られる大量の配列データには,標的に対する親和性が低い配列も多く含まれている.それらの中からアプタマー候補を選択するために,Fast Motif-Based Clustering method (FMBC)を開発した.FMBCにおいてモチーフ推定が全体の処理時間の大半を占めるが,各モチーフのスコア算出が互いに独立であるため,並列化が可能である.本研究では,並列処理によりFMBCを高速化する.公開データを用いた評価実験により,従来よりも最大で約50倍に高速化したことを示す.AA12055912研究報告バイオ情報学(BIO)2019-BIO-5850162019-06-102188-85902019-06-07