2024-03-28T23:11:22Zhttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_oaipmhoai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:000787362023-04-27T10:00:04Z01164:02735:06337:06602
Short readシーケンサーデータに対する複次重複処理による結合信頼性向上の検討Accuracy improvement for short read sequencer data by double overlap processingjpnhttp://id.nii.ac.jp/1001/00078736/Technical Reporthttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_action_common_download&item_id=78736&item_no=1&attribute_id=1&file_no=1Copyright (c) 2011 by the Information Processing Society of JapanInformation Engineering Course, Graduate School of Engineering and Science, University of the RyukyusFaculty of Engineering, University of the RyukyusInformation Engineering Course, Graduate School of Engineering and Science, University of the RyukyusFaculty of Engineering, University of the Ryukyus大城, 絢子岡崎, 威生安富, 祖仁名嘉村, 盛和次世代シークエンサの開発により、読み取り配列の長さを短くし並列処理を行うことで、配列の高速処理が可能になった。またアセンブルにおいて k-mer を利用することで、シーケンサのリードミスにも対処ができている。しかしkの値によってアセンブルの精度が左右されている。そのため未知の配列に対して de novo アセンブルを行う際には配列結合の信頼性が確保できない。そこで本報告では、複数の k-mer を利用することで配列結合の信頼性を向上させることについて検討する。With development of second generation sequencer technology, it has become possible to speedily get massive short-read sequences. The readmiss sequences are handled by using k-mer in assembly. But the results of assembly depend on k value, therefore, we can't obtain the best result in de novo assembly. In this regard, this research considers accuracy improvement for assembly by a way of multiple k-mer processing.AN10505667研究報告数理モデル化と問題解決(MPS)2011-MPS-8619122011-11-242011-11-18