2024-03-28T22:36:05Zhttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_oaipmhoai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:000590822023-04-27T10:00:04Z01164:05352:05368:05369
Algorithm for predicting co-expressed genes from expression profiles by improvement of path consistency algorithm with biological knowledge遺伝子発現プロファイルからのオペロン構造予測のためのPath Consistency Algorithm の改良enghttp://id.nii.ac.jp/1001/00059082/Technical Reporthttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_action_common_download&item_id=59082&item_no=1&attribute_id=1&file_no=1Copyright (c) 2005 by the Information Processing Society of Japan東京大学医科学研究所 インフォコム株式会社東京大学医科学研究所東京大学医科学研究所齊藤, 秀油谷, 幸代堀本, 勝久本研究では,遺伝子発現プロファイルから共発現する遺伝子を予測するシンプルなアルゴリズムを提案する.我々は 因果グラフを推定するための手法であるPath consistency (PC) algorithmに対し,遺伝子発現プロファイルへの適用のための改良および オペロンに関する生物学的知見を反映させた改良を加えた. 改良アルゴリズムを大腸菌のオペロン構成遺伝子の発現プロファイルに適用した結果,既知オペロンについて検出率90%以上 極めて低い擬陽性率を示した.We design a simple algorithm to predict the co-expressed genes from expression profiles. The path consistency (PC) algorithm for inferring the causal graph, is modified by considering the nature of actual expression profiles, and further improved by interpolating the biological knowledge of operons. The algorithm was applied to the expression profiles of known operons in Escherichia coli, and then more than 90% of known operons were correctly detected with small errors.AA12055912情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO)2005128(2005-BIO-003)43502005-12-222009-06-30