2024-03-28T17:07:27Zhttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_oaipmhoai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:000588912023-04-27T10:00:04Z01164:05352:05353:05356
Prediction of Protein Beta-Sheets : Dynamic Programming versus Grammatical Approachタンパク質ベータシート予測-動的計画法と形式文法によるアプローチ-enghttp://id.nii.ac.jp/1001/00058891/Technical Reporthttps://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=repository_action_common_download&item_id=58891&item_no=1&attribute_id=1&file_no=1Copyright (c) 2008 by the Information Processing Society of Japan京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科加藤有己阿久津, 達也関, 浩之タンパク質2次構造予測はバイオインフォマティクスにおける主要な課題の1つである.特に,βシートはアミノ酸配列において幾つかの領域にまたがって現れるため,その領域を予測することは容易ではない.本稿では,連続する逆平行βシートを予測するための動的計画法に基づくアルゴリズムを提案する.このアルゴリズムはより一般的なβシートのクラスを扱えるように拡張することが可能である.計算機実験では,提案アルゴリズムは予測精度において良い性能をあげている.また,提案アルゴリズムと形式文法に基づく手法の関連性について述べる.さらに,平面的なβシートを予測する問題は NP 困難であることを示す.Protein secondary structure prediction is one major task in bioinformatics. In particular, it is a challenge to predict β-sheet structures since they range over several discontinuous regions in an amino acid sequence. In this paper, we propose a dynamic programming algorithm for some kind of antiparallel β-sheet, where the proposed approach can be extended for more general classes of β-sheets. Experimental results for real data show that our prediction algorithm has good performance in accuracy. We also show a relation between the proposed algorithm and a grammar-based method. Furthermore, we prove that prediction of planar β-sheet structures is NP-hard.AA12055912情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO)200858(2008-BIO-013)59622008-06-192009-06-30